اگر قصد دارید که تور ژاپن را تجربه کنید بهتر است از آب و هوای مناطق مختلف آن مطلع باشید. تورهای جالب و دیدنی از نظر گردشگران آب و هوا ژاپن عمدتا معتدل است، اما تا حد زیادی از شمال به جنوب متفاوت است. ویژگی های جغرافیایی ژاپن آن را به شش منطقه آب و هوایی اصلی تقسیم میکند: هوکایدو، دریای ژاپن، مرکزی کوهستانی، دریای داخلی Seto، اقیانوس آرام، و جزایر ریوکیو.
- منطقه شمالی هوکایدو، دارای آب و هوای مرطوب با زمستانهای سرد و طولانی بارش سنگین است و تابستان بسیار گرم.
- درمنطقه دریای ژاپن در هونشو در سواحل غرب،در زمستان همراه با بادهای شمال غربی و بارش برف سنگین است. در تابستان، منطقه خنک تر از منطقه اقیانوس آرام است، هر چند که گاهی اوقات تجربه دمای بسیار داغ را به دلیل(foehn )باد خشک وگرم دامنه کوه دارد.
- منطقه کوهستانی مرکزی دارای آب و هوایی مرطوب و معمولی است، با تفاوت درجه حرارت زیادی بین تابستان و زمستان. هر چند زمستان معمولا پوشیده از برف است. این رشته کوه از مناطق ناحیه چوگوکو و شیکوکو پناهگاه دریای داخلی Seto دارای بادهای فصلی و خفیف در طول سال است.
- سواحل اقیانوس آرام ویژگی های آب و هوا نیمه گرمسیری و مرطوب دارد که زمستان بارش برف خفیف گاه به گاه و هوا گرم است، تابستان هم به دلیل وزش باد فصلی در جنوب شرقی مرطوب میباشد.
- جزایر ریوکیو آب و هوای نیمه گرمسیری، با زمستانهای تابستان های گرم است. بارش بسیار سنگین است، به خصوص در طول فصل های بارانی.
متوسط درجه حرارت در زمستان در ژاپن ۵٫۱ درجه سانتی گراد (۴۱٫۲ ° F) است و به طور متوسط درجه حرارت در تابستان ۲۵٫۲ درجه سانتی گراد (۷۷٫۴ ° F) است. بالاترین درجه حرارت تا به حال در ژاپن اندازه گیری ۴۰٫۹ درجه سانتی گراد (۱۰۵٫۶ ° F) در ۱۶ اوت ۲۰۰۷٫ ثبت شد . فصل اصلی بارانی در اوایل ماه مه آغاز می شود در اوکیناوا، و جلو باران به تدریج شمال تا رسیدن به هوکایدو در اواخر ماه جولای حرکت می کند. اما در هونشو(جزیره اصلی کشور ژاپن )، فصل بارانی قبل از اواسط ژوئن آغاز می شود و حدود شش هفته طول می کشد. در اواخر تابستان و اوایل پاییز، توفان اغلب سنگین است.